bookingで予約したのですが、予約決済金額と、案内メール（メッセージ）の金額が異なるのですが、どちらが正しいでしょうか？

カード決済金額が正しい金額となります。

カード決済金額との差額は、「booking.comによる負担額」相当額となります。

この「booking.comによる負担額」はBooking.com独自のもので、当施設の方でいくら割引適用されたか確認できないため、当初予約時の基本料金で案内・確認メールが届くようになっております。
したがいまして、BBQレンタル、わんちゃんのご宿泊などのオプション料金を除き、決済額以上請求されることはありませんのでご安心ください。